A japánkertek filozófiai lényege, hogy a természet alkotta élőlények és élettelen tárgyak részei egy magasabb rendű világnak.
Az önmegvalósítás, az önfelszabadítás és a meditáció legtökéletesebb színhelye, ahol az ember és természet eggyé válhat. A harmónia, a megnyugvás, és a csendes szemlélődés színtere. A maga egyszerűségével és egyben bonyolultságával az élet értelmére fókuszál.
A kert minden része szimbolizál valamit a természetből. A szikla, ami a legfontosabb építő eleme a japánkertnek, sok esetben a földet, míg a kavics, homok a vizet (tavat, folyót), a csipkés sziklák a hegyeket, a patakok és tavak szigetei pedig az öröklétet szimbolizálják.
A növények nem díszítő elemként vannak jelen, hanem mindig a természetet jelenítik meg. Nincsenek virágágyások, virágszegélyek. Sokszor úgy metszik a virágzó bokrokat, hogy ne is hozzanak virágot.
Egyes kerti elemek és növények valamit ábrázolva szimbolizálnak. Például a teknős formájú kő az állandóságot, az újévi három barátot megtestesítő bambusz, fenyő és szilva trió, valamint a darumadár formájú fa a hosszú, boldog életet jelenti.
Sok esetben a kertnek szerves része a teakert, teaház, vagy tea pavilon, ahol egy csésze teát kortyolgatva mélyülhetünk el a természet adta csodákban.